معافیت های این قانون در ماده 12 بیان شده اند که به شرح زیر می باشند:
1- محصولات کشاورزي فرآوري نشده؛
2- دام وطيور زنده، آبزيان، زنبور عسل ونوغان؛
3- انواع کود، سم، بذر ونهال؛
4- آرد خبازي، نان، گوشت، قند، شکر، برنج، حبوبات وسويا، شير، پنير، روغن نباتي وشير خشک مخصوص تغذيه کودکان؛
5- کتاب، مطبوعات، دفاتر تحرير وانواع کاغذ چاپ، تحرير ومطبوعات؛
6- کالاهاي اهدايي به صورت بلا عوض به وزارتخانه ها، مؤسسات دولتي ونهادهاي عمومي غير دولتي با تأييد هيأت وزيران وحوزه هاي علميه با تأييد حوزه گيرنده هدايا؛
7- کالاهايي که همراه مسافر وبراي استفاده شخصي تا ميزان معافيت مقرر طبق مقررات صادرات و واردات، وارد کشور مي شود. مازاد بر آن طبق مقررات اين قانون مشمول ماليات خواهد بود؛
8- اموال غير منقول؛
9- انواع دارو، لوازم مصرفي درماني، خدمات درماني (انساني، حيواني وگياهي) وخدمات توانبخشي وحمايتي؛
10- خدمات مشمول ماليات بر درآمد حقوق، موضوع قانون مالياتهاي مستقيم؛
11- خـدمـات بـانـکي و اعتباري بانکها،موسسات و تعاونيهاي اعتباري و صندوق هاي قرض الحسنه مجاز و خدمات معاملات و تسويه اوراق بهادار و کالا در بورسها و بازارهاي خارج از بورس.
12- خدمات حمل ونقل عمومي مسافري برون شهري و درون شهري، جاده اي، ريلي، هوايي ودريايي؛
13- فرش دستباف؛
14- انواع خدمات پژوهشي وآموزشي که طبق آئين نامه اي که با پيشنهاد مشترک وزارتخانه هاي علوم تحقيقات وفناوري، امور اقتصادي ودارايي، بهداشت، درمان وآموزش پزشکي، آموزش وپرورش وکار وامور اجتماعي ظرف مدت شش ماه از تاريخ تصويب اين قانون به تصويب هيأت وزيران مي رسد؛
15- خوراک دام وطيور؛
16- رادار وتجهيزات کمک ناوبري هوانوردي ويژه فرودگاه ها بر اساس فهرستي که به پيشنهاد مشترک وزارت راه وترابري و وزارت امور اقتصادي ودارايي تهيه وظرف مدت شش ماه از تاريخ تصويب اين قانون به تصويب هيأت وزيران مي رسد؛
17- اقلام با مصارف صرفاً دفاعي (نظامي وانتظامي) وامنيتي بر اساس فهرستي که به پيشنهاد مشترک وزارت دفاع وپشتيباني نيروهاي مسلح و وزارت امور اقتصادي ودارايي تهيه وبه تصويب هيأت وزيران مي رسد. فهرست مذکور از اولين دوره مالياتي پس از تصويب هيأت وزيران قابل اجراء خواهد بود.
حسابداری مالیات بر ارزش افزوده در دفاتر پیمانکار و کارفرما